O SQLite tem a implementação de transações. Não é tão sofisticado quanto na maioria dos bancos de dados. Por se tratar de um sgbd simples e para ser embarcado junto a aplicação mas que se você souber usar... É realmente muito bom.
Usando FMDB no iOS é simples usar o transaction, assim:
No Android as coisas ficarão assim:
Espero que isso possa ajudar um pouco quem tem sofrido com a velocidade do insert a base.